相続登記の「順番」ミスで3000万円控除が消える？司法書士が解説

2026年11月13日

# 順番を間違えると損をします——相続登記の「順番」で控除額が激減する理由「3,000万円の特別控除」

皆様、こんにちは。レスター司法書士法人の日高憲一です。

親の実家を相続したとき、「まずは名義変更（相続登記）をしなければ」と思う方は多いですよね。特に最近は相続登記が義務化され、「早くやらなければペナルティがある」という話を耳にする機会も増えました。その気持ちは十分に理解できます。

ただ、ここで少し立ち止まっていただきたいのです。「急いでちゃんとやった人ほど損をする」という、知らなければ絶対に後悔するケースが実際に起きています。登記の名義変更は一見シンプルな手続きに思えますが、その順番や方法を誤ると、数百万円単位で税負担が増えてしまう可能性があるのです。

特に深刻なのが、「3,000万円の特別控除」という税務上の優遇制度を使えなくなってしまうケースです。この制度を知らずに登記を済ませてしまい、後から「こんなに税金を払わないといけないの？」と青ざめる方が少なくありません。

本日は、相続登記の「順番」を誤ることで控除が使えなくなる理由と、具体的な失敗パターン、そして正しい手順について解説いたします。これから親の実家を相続する予定のある方、あるいはすでに相続が発生している方は、ぜひ最後までお読みください。

「3,000万円の特別控除」とはどのような制度か

まず、今回のテーマの核心となる制度について説明します。「3,000万円の特別控除」とは何か、なぜこれが相続登記の順番と深く関係するのか、以下の2点を押さえましょう。

制度の基本的な仕組み
「取得費」が証明できない場合のリスク

順番に見ていきましょう。

1. 制度の基本的な仕組み

3,000万円の特別控除とは、不動産（主に空き家となった実家）を売却したときに生じた利益（譲渡所得）が3,000万円以内であれば、その利益に対して税金がかからないという優遇制度です。わかりやすく言うと、「税金の大きな割引枠」のようなものです。

たとえば、実家を売って800万円の利益が出たとしても、この特別控除の対象であれば税金はかかりません。これは非常に大きなメリットです。

ただし、この控除は売却後ではなく、登記の名義変更の段階から戦略を考えておかないと使えなくなることがあります。「売ってから税理士に相談しよう」では、もう手遅れになるケースがあるのです。

2. 「取得費」が証明できない場合のリスク

不動産を売却したとき、いくら「儲かったか（譲渡所得）」は以下の計算で求めます。

> 売却価格 ― 取得費（購入・建築にかかった費用）= 譲渡所得

たとえば、3,000万円で買った実家を3,000万円で売れば、利益はゼロ。税金はかかりません。

ところが問題は、古い実家の場合、購入・建築時の金額を証明する書類がないことがほとんどだという点です。何十年も前の領収書や契約書が手元に残っている家庭は、ほぼありません。

この場合、税務署は「取得費は売却価格の5%だけ認めましょう」というルールを適用します。

3,000万円で売却した場合、取得費として認められるのは：

> 3,000万円 × 5% ＝ 150万円のみ

つまり、実際には3,000万円かけて建てた家でも、取得費は150万円しか認められず、残りの2,850万円が「利益」として課税対象になってしまいます。税率がおよそ20%だとすると、約570万円の税負担が生じることになります。

本来ならば利益などないのに、書類がないだけでこれだけの税金を払わなければならないのです。

この状況で「3,000万円の特別控除」の要件を満たしていれば、この税負担を回避できます。だからこそ、この控除が使えるかどうかが非常に重要になるのです。

登記の「順番」を誤ると控除が使えなくなる理由

では、なぜ登記の順番が問題になるのでしょうか。よくある失敗パターンは以下の2つです。

名義の入れ方を誤ると「クーポン券」が無駄になる
土地と建物を別々の名義にすると要件を満たせない

それぞれ解説します。

1. 名義の入れ方を誤ると「クーポン券」が無駄になる

3,000万円の特別控除は、相続人1人につき1回使えます。つまり、複数の相続人が共有名義で実家を取得すれば、それぞれが控除を使えるのです。

わかりやすく言うと、兄と弟の2人で共有名義にすれば、控除枠は合計6,000万円になります。これは非常に大きな節税効果です。

ところが多くの場合、「実家は長男名義にしよう」と特に深く考えずに決めてしまいます。あるいは、費用を節約しようと自分たちで手続きを進めるなかで、「長男名義でいいよね」とあっさり登記を終わらせてしまう。その結果、弟が持てたはずの控除枠が丸ごと消えてしまうのです。

さらに深刻なのは、一度行った相続登記をやり直すことが、税務上は認められないという点です。

法律的には登記の修正ができたとしても、税務上は「2回目以降の取引＝売買や贈与と同じ扱い」になってしまいます。税務署がそれを相続として認めてくれることは、よほどの事情がない限り難しく、実務上はほぼ無理だと思っておいた方がよいでしょう。

「とりあえず名義変更しておいて、後で直せばいい」という考えは非常に危険です。

2. 土地と建物を別々の名義にすると要件を満たせない

日本の法律では、不動産の「土地」と「建物」は別々の財産として扱われます。海外では土地と建物はセットですが、日本では別々に登記されています。

これを知らずに、「土地はお兄さん、建物は弟さん」という形で名義を分けてしまうケースがあります。一見公平に見えますが、3,000万円の特別控除の要件では、実家（土地・建物）を一体として扱うことが必要です。

土地と建物を別々の人が持つ形にしてしまうと、この特例が使えなくなってしまう可能性があります。

土地・建物の名義に関するポイント

日本では土地と建物は別々の財産として登記される
3,000万円の特別控除は「実家を一体として扱う」ことが要件
土地と建物を別々の相続人名義にすると、控除要件を満たせない可能性がある
「公平に分けよう」という発想が、意図せず節税の機会を失わせることがある

正しい手順——名義変更の「前」に動くことが大切

では、どうすればよいのでしょうか。結論から言います。名義変更（相続登記）をする前に、専門家に相談することが必須です。

具体的な手順は以下の3ステップです。

固定資産税の評価額を調べる（市区町村が発行する「固定資産税評価証明書」などで確認できます）
家族での話し合いと同時に、税理士などの専門家に相談する
専門家の助言をもとに、相続登記（名義変更）を行う

シンプルにまとめると、「名義変更する前に必ず専門家に相談する」これに尽きます。

よくある失敗パターン

費用を節約しようと自分たちで登記を進め、何も考えずに長男名義にしてしまった
司法書士に「長男名義でお願いします」と伝えてさっと手続きを終わらせた
売却の段階になって初めて税理士に相談したが、その時点では修正が効かなかった

売却してから相談しても、もう手遅れです。登記の名義をどう設計するかという段階から、税務的な視点で戦略を立てておく必要があります。

「手続き費用を抑えたい」という気持ちはよく分かります。ただ、専門家への相談をケチったことで数百万円の税負担を抱えることになれば、本末転倒ですよね。

POINT

相続登記を急ぎすぎると、3,000万円の特別控除が使えなくなる可能性がある
一度行った登記を税務上やり直すことは、ほぼ不可能と考えておく
複数の相続人で共有名義にすることで、控除枠を増やせる場合がある
土地と建物は別々の人の名義にしない方が、要件を満たしやすい
取得費の書類がない場合、売却価格の5%しか認められず、多額の課税が生じるリスクがある

まとめ

今回の記事のポイントを整理します。

相続登記は「急げばよい」ではなく、順番と方法が重要。名義変更の前に必ず専門家に相談することが大切です
3,000万円の特別控除は、実家売却時の大きな節税手段ですが、登記の名義の決め方を誤ると使えなくなります
複数の相続人で共有名義にすることで控除枠を増やせる可能性があります。「とりあえず長男名義」で済ませてしまうのは危険です
土地と建物を別々の名義にすると、控除要件を満たせない可能性があります。実家は一体として扱うことが基本です
取得費の書類がない古い実家では、売却価格の5%しか取得費として認められないため、書類がないと多額の課税が生じるリスクがあります。だからこそ控除が活きてきます
正しい手順は「①評価額の確認 → ②家族の話し合いと専門家への相談 → ③相続登記」の3ステップです

ご不安な点やご不明な点がございましたら、どうぞお気軽にレスター司法書士法人にご相談ください。

YouTubeやってます！

本記事の内容は、YouTube動画『順番を間違えると使えなくなります相続登記の「順番」で控除額が激減する理由「3,000万円の特別控除」』でも解説しています。ぜひあわせてご覧ください。