不動産M&Aとは？通常の不動産売買との違い・スキーム・リスクを司法書士が解説

皆様、こんにちは。レスター司法書士法人の日高憲一です。

「会社で持っているビルや土地を売りたいが、税金の負担が大きすぎる」「不動産を保有したまま会社を畳むべきか、それとも会社ごと譲るべきか」。不動産を保有する会社の経営者様から、このようなご相談をいただくことが増えています。

そのような場面で選択肢に挙がるのが「不動産M&A」です。不動産そのものを売買するのではなく、不動産を保有する会社を株式譲渡などで丸ごと引き継ぐ方法で、通常の不動産売買とは税金のかかり方も手続きも大きく異なります。

一方で、「節税になる」という良い面ばかりが強調されがちですが、簿外債務を引き継ぐリスクなど、事前に知っておくべき注意点も少なくありません。

本日は、不動産M&Aとは何か、「会社を清算して不動産を売る」方法との違い、税金の考え方、手続きの流れと期間、メリット・デメリット、そして専門家の役割分担について解説いたします。

不動産M&Aとは？通常の不動産売買との違い

不動産M&A＝不動産を保有する「会社」を株式譲渡で取得するスキーム

不動産M&Aとは、不動産の取得を主な目的として、その不動産を保有している会社を買収するM&Aのことです。中心となる手法は株式譲渡で、買い手は売り手の株主から株式を買い取ることで、会社ごと不動産を引き継ぎます。

通常の不動産売買では、売買の対象は「不動産そのもの」です。これに対して不動産M&Aでは、売買の対象は「会社の株式」であり、不動産の所有者は買収の前後を通じて同じ会社のまま変わりません。変わるのは、その会社のオーナー（株主）です。

この「不動産の名義が動かない」という点が、税金面・手続き面の違いを生む出発点になります。

違い：不動産取得税・登録免許税（流通税）がかからない

通常の不動産売買で買主に生じる主な税負担として、次のようなものがあります。

• 不動産取得税：不動産を取得した際に都道府県が課税する税金（総務省｜不動産取得税）
• 登録免許税：所有権移転登記の際に課される税金（国税庁タックスアンサー No.7191 登録免許税の税額表）

これらは不動産の名義が移転することに伴って発生する、いわゆる「流通税」です。

一方、株式譲渡による不動産M&Aでは、先ほど述べたとおり不動産の所有者（会社）は変わらないため、不動産の所有権移転登記が発生せず、不動産取得税や所有権移転に伴う登録免許税は原則としてかかりません。保有不動産の規模が大きいほど、この差は無視できない金額になります。

ただし、税額は物件の評価額や適用される特例により大きく異なりますので、具体的な試算は税理士や都道府県税事務所にご確認ください。

不動産M&Aが注目される背景

不動産M&Aという言葉を耳にする機会が増えている背景には、中小企業を取り巻く共通の事情があります。

• 後継者不在：事業は安定していても引き継ぐ親族がいない、というご相談が増えています
• 「不動産を持つ会社をどう畳むか」という難問：現預金だけの会社と違い、売るにも残すにも判断材料が多くなります
• 廃業コストの重さ：解散・清算の費用に加え、建物の解体や原状回復、テナントとの調整の負担がかかります

つまり不動産M&Aは、「不動産を高く売る方法」というより、「不動産を持つ会社の出口をどう設計するか」という事業承継の文脈で選ばれているというのが実務での実感です。

会社を清算して不動産を売る場合との比較

不動産M&Aを検討される方が実際に比べているのは、「会社が不動産を売却したうえで、会社を解散・清算する」という進め方です。ここが一番の分かれ道になります。

「不動産を売って会社を畳む」と課税の場面が二段階になる

会社が保有する不動産を売却して会社を清算する場合、課税が問題になる場面は大きく二つに分かれます。

1. 法人の段階：不動産の売却益は会社の所得として法人税等の課税対象になります
2. 株主の段階：清算で残った財産（残余財産）を株主に分配するとき、株主側でも課税が問題になります

売却代金がそのまま経営者の手元に残るわけではなく、会社の段階と株主の段階で二度、税金の話が出てくるのがこの方法の構造的な特徴です。

これに対して不動産M&A（株式譲渡）では、不動産は会社に残したままオーナーが株式を売りますので、課税が問題になるのは原則として株式の譲渡益の一段階です。含み益の大きい不動産を長く保有してきた会社ほど、この差が検討の動機になります。

税金以外の違い：会社が残るか、消えるか

違いは税金だけではありません。清算を選べば会社は消滅しますが、株式譲渡なら契約関係はそのまま引き継がれ、変わるのはオーナーだけです。

比較項目	不動産を売却して会社を清算する	会社ごと株式を譲渡する（不動産M&A）
売買の対象	不動産そのもの	会社の株式
不動産の名義	買主へ移転する（所有権移転登記が必要）	対象会社のまま動かない
買い手側の流通税	不動産取得税・登録免許税が発生する	所有権移転に伴う分は原則発生しない
課税が問題になる段階	法人（譲渡益）＋株主（残余財産の分配）の二段階	株主（株式の譲渡益）の一段階が原則
会社そのもの	解散・清算の手続きを経て消滅する	存続する（オーナーが交代する）
従業員・賃貸借契約	個別に解約・承継の手続きが必要	会社が当事者のまま継続する
買い手の探しやすさ	不動産市場で広く探せる	株式ごと引き受けられる相手に限られる

どちらが有利かは、不動産の含み益、繰越欠損金の有無、株主構成、買い手の有無といった個別事情で逆転します。「不動産M&Aのほうが必ず得」ということはありません。数字による判定は税理士の業務領域ですので、当事務所では会社・不動産の権利関係を整理したうえで、提携税理士に試算を依頼する流れでご案内しています。

▶ あわせて確認：会社解散の手続きの流れ｜費用・期間・清算結了まで／不動産登記の費用はいくら？種類別の登録免許税

不動産M&Aの税金の考え方

ここでは「誰に、どの税目の話が出てくるのか」という枠組みだけを整理します。税率や税額は物件の評価・取得費・適用できる特例・株主の状況によって変わりますので、本記事では数字に踏み込みません。

株式譲渡の場合

株式譲渡による不動産M&Aでは、売り手であるオーナー株主に生じるのは株式の譲渡益に対する課税です。個人株主の上場株式等以外の株式の譲渡益は、原則として申告分離課税の対象とされています（国税庁タックスアンサー No.1463 株式等を譲渡したときの課税）。

関係者ごとに整理すると、次のようになります。

• 売り手（オーナー株主）：株式の譲渡益に対する課税。株主が法人か個人かで枠組みが変わります
• 対象会社：不動産を売っていないため譲渡益課税は生じませんが、会社は存続しますので申告は続きます
• 買い手：不動産取得税・所有権移転の登録免許税は原則かからず、固定資産税は引き続き対象会社が負担します

会社分割を組み合わせる場合

会社分割で不動産または事業を切り出してから株式を譲渡する場合、株式譲渡だけのときには出てこない論点が加わります。

• 組織再編税制（税制適格・非適格の判定）：分割の方法や対価の払い方で、資産を帳簿価額のまま引き継げるかの扱いが変わります
• 分割に伴う登記と登録免許税：会社分割は商業登記の対象で、不動産が承継会社へ移る場合は不動産登記も必要です
• 債権者保護手続き：官報公告や個別催告など、会社法上の所定の手続きが必要です

会社分割型は設計次第で結果が大きく変わります。スキームを決めてから税理士に相談するのではなく、設計段階から税理士に入ってもらうのが安全な進め方です。

▶ あわせて確認：会社設立の費用はいくら？法定費用と司法書士に依頼すべきケース

買い手側の注意：減価償却の扱いが不動産の直接購入と異なる

買い手が見落としがちなのが、買った後の損金計上です。不動産を直接購入すれば、買い手は自分が支払った取得価額をもとに建物の減価償却を行います。これに対して株式を取得した場合、建物を保有しているのは従前どおり対象会社であり、会社の帳簿上の価額や償却の進み具合はそのまま引き継がれます。株式に支払った金額が、そのまま会社の償却費に置き換わるわけではありません。

「流通税がかからないから有利」と入口だけで判断すると、保有期間中の損金計上では想定と違った、ということが起こり得ます。買い手側でも、購入後の収支まで含めて税理士に確認しておくことをおすすめいたします。

不動産M&Aの主なスキーム

株式譲渡スキーム（基本形）

もっとも基本的なスキームは、オーナー株主が保有株式のすべてを買い手に譲渡する株式譲渡です。中小企業の多くは定款で株式の譲渡制限を設けている「非公開会社」ですので、株主総会や取締役会による譲渡承認の手続きを正しく踏むことが重要になります。ここを省略した株式譲渡は、後から効力を争われる火種になります。

会社分割を組み合わせるスキーム

会社の中に不動産事業とそれ以外の事業が混在している場合には、会社分割で一方を切り出したうえで株式を譲渡するスキームが使われることがあります。前章のとおり税務上の論点が多く、税務調査で租税回避行為と判断されるリスクも指摘されていますので、必ず事前に税理士を交えて検証してください。

不動産M&Aの手続きの流れと期間

相手探しからクロージングまでの7ステップ

株式譲渡による不動産M&Aは、おおむね次の順序で進みます。

1. 相手探し：仲介会社・金融機関・士業のネットワークで、会社ごと引き受けられる買い手を探す
2. 秘密保持契約（NDA）：内部資料を開示する前に情報の取扱いを取り決める
3. 意向表明：買い手が価格・条件の大枠を書面で示す
4. 基本合意：価格の考え方や独占交渉権を合意する（最終合意ではありません）
5. デューデリジェンス（買収監査）：財務・税務・法務・不動産の各面から会社の中身を調査する
6. 最終契約（株式譲渡契約）：調査結果を踏まえて価格・表明保証・補償を確定する
7. クロージング：譲渡承認の決議・株主名簿の書換え・代金決済を行い、役員変更などの登記を申請する

押さえていただきたいのは、司法書士が本格的に関与するのは主に最終盤（⑥⑦）の会社法手続きと登記まわりだという点です。相手探しや価格交渉はM&A仲介会社や金融機関、法務デューデリジェンスや契約交渉は弁護士の領域になります。ただし株主名簿や議事録の整備は、①の段階から着手しておくほど有利です。

期間の目安と、長引く要因

相手探しから始める場合、成約まで半年から1年以上かかることも珍しくありません。期間が延びる典型的な要因は、株主名簿と実態が合っていない（名義株・相続で分散した株式がある）、議事録や定款が長年更新されていない、不動産に古い抵当権や未登記建物が残っている、といった「昔からの積み残し」です。いずれも交渉が始まってから直そうとすると時間がかかりますので、着手前に整えておくことをおすすめします。

M&A全体の流れは、こちらの記事で詳しく解説しています。

不動産M&Aのメリット

売り手・買い手それぞれの主なメリットを整理します。

売り手側のメリット

• 税負担の枠組みが変わる：不動産売却＋会社清算の二段階課税と比べて、株式譲渡益への課税に一本化される（有利かどうかは個別事情によります）
• 廃業コストを抑えられる：会社を清算する場合に必要な解散・清算手続きや、建物の取り壊し・原状回復などの負担を避けられる
• 従業員の雇用や取引関係を引き継げる：会社が存続するため、雇用契約や賃貸借契約はそのまま継続する
• 後継者不在の解決策になる：不動産賃貸業などで後継者がいない場合の事業承継の選択肢になる

買い手側のメリット

• 流通税の負担を抑えられる：不動産取得税や所有権移転登記の登録免許税が原則として発生しない
• 市場に出回らない物件を取得できる：好立地の収益物件など、通常の売買市場に出てこない不動産にアクセスできる
• 賃借人との契約や管理体制ごと引き継げる：収益不動産の場合、賃貸借契約や管理ノウハウを一体で取得できる

不動産M&Aのデメリット・リスク

不動産M&Aは良いことばかりではありません。むしろ、通常の不動産売買にはないリスクを引き受ける取引だという理解が出発点になります。

簿外債務・偶発債務を引き継ぐリスク

株式譲渡では、会社の資産だけでなく負債や契約関係もすべて丸ごと引き継ぎます。帳簿に載っていない保証債務（簿外債務）、未払いの残業代、将来発生し得る損害賠償（偶発債務）なども例外ではありません。

「不動産が欲しくて会社を買ったら、想定外の債務までついてきた」という事態は、不動産M&Aでもっとも警戒すべきリスクです。

デューデリジェンス（DD）が不可欠

このリスクに対する備えが、契約前のデューデリジェンス（買収監査）です。財務は公認会計士・税理士、法務は弁護士、不動産の権利関係や登記の状態は司法書士というように、分野ごとの専門家が会社の中身を調査します。

調査には相応の費用と期間がかかりますが、不動産M&Aは取引金額が大きくなりやすいだけに、DDを省略することはおすすめできません。また、株式譲渡契約書には、売り手が会社の状態を保証する「表明保証」条項などを適切に盛り込む必要があります。契約書のリスクについては、こちらの記事もご覧ください。

売り手側のデメリット：相手が見つからない・時間と費用がかかる

売り手の立場から見たデメリットも率直にお伝えします。

• 買い手を見つけるのが難しい：会社を買うとはその会社の過去も引き受けることですので、「不動産を持つ会社ごと」引き受けられる相手は限られます
• 手続き期間が長い：段階が多く、通常の不動産売買のように「売りたい時期に合わせて売る」ことが難しくなります
• 専門家費用・仲介手数料が重くなりやすい：不動産の仲介手数料には上限の定めがありますが、M&A仲介の手数料は別の枠組みで設定され、加えて税理士・弁護士・会計士・司法書士の費用も発生します
• まとまらずに終わることがある：デューデリジェンスの結果、買い手が撤退することもあり、そこまでの費用は戻ってきません

期待だけで進めると、時間と費用をかけた末に成立しなかった、という結末もあり得ます。不動産として売る道を並行して残しておく判断も十分に現実的です。

短期所有土地の譲渡・租税回避と判断されるケース

税務上の取扱いについては、次のような点が指摘されることがあります。

• 取得して間もない土地を含む会社の株式譲渡について、実質的に短期所有土地の譲渡と同視されるべきではないかという論点が問題になることがあります
• 不動産を切り出すためだけに新設分割で作った受け皿会社の株式を分割の直後に譲渡する進め方は、事業としての実態が伴わないと、税務上その形式どおりには認められないと指摘されることがあります
• 税負担の軽減以外に合理的な理由が見当たらないスキームは、租税回避として否認されるリスクがあると言われています

裏を返せば、後継者がいない、従業員の雇用を守りたい——といった税金以外の目的がはっきりしている案件ほど、説明のつきやすい取引になります。最終的な税務上の評価は税理士の領域ですので、スキームの税務面は必ず税理士に、契約や紛争リスクは弁護士に確認しながら進めてください。

沖縄で不動産M&Aが選択肢になる場面

沖縄には、不動産M&Aが選択肢として浮かび上がりやすい土壌があります。

• 軍用地を保有する法人：沖縄特有の資産である軍用地は安定収益資産として法人で保有されているケースがあり、会社ごと承継するかどうかが論点になります
• 観光関連の不動産：ホテル・民泊施設・飲食店舗など、収益不動産を保有する会社の後継者不在問題が増えています
• 那覇市中心部の収益物件：市場に出回りにくい好立地物件が同族会社に保有されていることが少なくありません

後継者がいないまま不動産保有会社を放置すると、株主の相続が発生するたびに株式が分散し、意思決定ができない「塩漬け会社」になってしまうおそれがあります。そうなる前に、会社と不動産の出口を設計しておくことが重要です。沖縄の事業承継の全体像は、こちらの記事で解説しています。

当事務所では、不動産M&Aをテーマとしたセミナーを開催した実績があり、沖縄県内の経営者・不動産オーナーの皆様に、会社ごと不動産を承継する選択肢についてお伝えしてまいりました。当時のセミナー資料はこちら（PDF）からご覧いただけます。

不動産M&Aにおける司法書士の役割と専門家の分担

司法書士が担う手続き

不動産M&Aでは不動産の所有権移転登記こそ発生しませんが、会社に関する登記や法律手続きは数多く発生します。司法書士は主に次の場面で関与します。

• 役員変更登記：買収後に取締役・監査役が交代した場合の変更登記
• 本店移転・商号変更などの登記：買収後に本店所在地や会社名を変更する場合
• 株式譲渡の手続き支援：譲渡承認に関する株主総会・取締役会の議事録作成、株主名簿の書き換えなど会社法上の手続きのサポート
• 登記情報からの調査：対象会社の登記事項や、保有不動産の権利関係（抵当権などの担保の有無）の確認

会社の登記手続きは、法務局（沖縄県内であれば那覇地方法務局）への申請が必要です（法務局｜商業・法人登記の申請手続）。なお、非公開会社の株主が誰であるかは登記事項ではないため、株式譲渡そのものの登記は発生しませんが、その分、株主名簿や議事録といった社内の法的書類を正確に整備しておくことが後日の紛争予防につながります。

▶ あわせて確認：役員変更登記の期限は変更から2週間以内｜過料リスクと費用／本店移転登記の費用｜管轄内・管轄外の違い

税務は税理士、法務DD・紛争対応は弁護士

専門家の役割分担を整理すると、次のようになります。

• 税理士：譲渡益課税の試算、スキームの税務検証、税務申告
• 弁護士：法務デューデリジェンス、契約交渉、紛争が生じた場合の対応
• 公認会計士：財務デューデリジェンス、企業価値の評価
• 司法書士：商業登記・不動産登記、会社法上の手続き支援、権利関係の調査

不動産M&Aは、どれか一つの専門分野だけで完結する取引ではありません。当事務所では、窓口を一つにして提携する税理士・弁護士と連携しながら進める体制を取っていますので、「まず誰に相談すればよいか分からない」という段階からご相談いただけます。

なお、司法書士報酬を含む専門家費用は、対象会社の規模や手続きの内容によって事務所ごとに異なります。当事務所では初回相談時に、必要な手続きの全体像と費用の見通しをご説明しております。

よくある質問

不動産M&Aはどのような会社に向いていますか？

典型的なのは、収益不動産を保有する会社で後継者がいないケースです。不動産賃貸業を営む同族会社、遊休不動産を抱えたまま事業を縮小している会社、軍用地などの安定資産を法人で保有しているケースなどが挙げられます。

一方、不動産以外の事業や資産・負債が複雑に絡んでいる会社では、スキームの設計が難しくなります。まずは会社の資産・負債の全体像を整理することが第一歩です。

中小企業でも不動産M&Aはできますか？

できます。むしろ不動産M&Aは、オーナー一族で株式を持つ中小の不動産保有会社で検討されることが多い手法です。会社の規模よりも、株式をまとめて譲渡できる状態にあるかのほうが重要になります。

相続を経て株主が親族に分散している、名義株が残っている、株券発行会社のままで株券が見当たらない、といった状態であれば、まず株式を整理するところから始める必要があります。この部分は司法書士がお手伝いできる領域です。

従業員の雇用はどうなりますか？

株式譲渡の場合、雇用主である会社はそのまま存続しますので、雇用契約は当然には終了しません。会社を清算して不動産だけを売る場合と比べて、従業員の立場が守られやすいのは不動産M&Aの特徴です。

もっとも、オーナーが交代すれば経営方針は変わり得ます。処遇について取り決めたい場合は、株式譲渡契約の中で買い手と条件を確認しておくことになります。労働条件の変更や労使間の紛争は弁護士・社会保険労務士の領域ですので、必要に応じて連携してご案内いたします。

不動産M&Aの税金はどのくらいかかりますか？

株式譲渡の場合、売り手の個人株主には株式の譲渡益に対する申告分離課税が原則として適用されますが、実際の税額は取得費や個別の事情によって変わります。

通常の不動産売却と比べてどちらが有利かは一概には言えず、試算には専門的な検討が必要です。制度の概要は国税庁のタックスアンサーで確認できますが、具体的な税額の計算・申告は税理士にご相談ください。

不動産M&Aにはどのくらいの期間がかかりますか？

相手探しから始める場合、半年から1年以上かかることも珍しくありません。買い手が既に決まっている場合でも、デューデリジェンスと契約交渉に数ヶ月を要するのが一般的です。

通常の不動産売買より時間がかかる取引ですので、事業承継対策として検討する場合は、早めに準備を始めることをおすすめいたします。

個人名義の不動産でも不動産M&Aはできますか？

不動産M&Aは「不動産を保有する会社」の株式を売買するスキームですので、個人名義の不動産そのものは対象になりません。個人所有の不動産を売却する場合は、通常の不動産売買として進めることになります。

個人名義か法人名義かで、税金も手続きもまったく異なりますので、所有形態の確認から始めましょう。

司法書士には何を相談できますか？

対象会社の登記事項や不動産の権利関係の調査、株式譲渡に伴う会社法上の手続き、役員変更・本店移転などの登記手続きについてご相談いただけます。

また、「そもそも自社のケースで不動産M&Aが選択肢になるのか」という入口の交通整理も承っています。税務や紛争性のあるご相談は、提携する税理士・弁護士と連携して対応いたします。

▶ あわせて確認：沖縄の事業承継ガイド｜親族内・M&Aの進め方／M&Aの流れを司法書士が解説｜成功の鍵と6つのステップ／M&Aの契約書でこだわるべき条項3選

まとめ

不動産M&Aについて解説してまいりました。要点を整理いたします。

• 不動産M&Aとは、不動産を保有する会社を株式譲渡などで丸ごと取得するスキーム。不動産の名義は動かず、会社のオーナーが変わる
• 本当の比較相手は「不動産を売って会社を清算する」方法。清算型は法人段階と株主段階の二段階で課税が問題になるのに対し、株式譲渡は株主の譲渡益の一段階が原則
• 不動産取得税・所有権移転の登録免許税が原則かからない。ただし買い手側は、減価償却の扱いが直接購入とは異なる点に注意
• 手続きは相手探しからクロージングまで7ステップ。半年〜1年以上かかることも珍しくなく、司法書士が本格的に関与するのは最終盤の会社法手続きと登記
• 簿外債務・偶発債務を丸ごと引き継ぐリスクがあり、デューデリジェンスは省略できない。売り手側にも、買い手が限られる・期間が長い・費用が重いというデメリットがある
• 節税だけを目的としたスキームは税務上否認されるリスクがある。税務の検証は必ず税理士に、契約・紛争は弁護士に依頼し、司法書士は登記・会社法手続き・権利関係調査を担う

不動産M&Aは「不動産の売買」と「会社の承継」の両方の性質を持つ取引です。だからこそ、最初の相談窓口で全体の交通整理をすることが成否を分けます。株主名簿・議事録・不動産の権利関係を整えておく準備は、不動産M&Aを選ばなかったとしても、清算や親族内承継でそのまま活きてきます。

レスター司法書士法人では、窓口を一つにしてワンストップで対応しております。初回のご相談は無料で承っておりますので、ご不安な点やご不明な点がございましたら、どうぞお気軽にご相談ください。

最後までお読みいただき、ありがとうございました。

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